方法を探していたのですが、意外と苦戦したのでメモ。

   1  object = new Object
   2  def object.foo; end
   3  object.singleton_methods #=> [:foo]
   4  (class << object; self end).class_eval{send :remove_method, :foo}
   5  object.singleton_methods #=> []

これで行けるようです。instance_eval{undef foo}でも削除はできますが、その場合親クラスのメソッドにもアクセス出来なくなってしまうので、 singleton methodだけを削除する場合には、 メタクラスのインスタンスメソッドをremove_methodするのが良いようです。