Merbはコマンドラインから-c 3のように指定する事で、
クラスターとして起動出来ますが、これを設定ファイルの
中から行う場合には、以下のように書けば良いようです。

config/init.rb
ruby>>
Merb::Config.use do |c|
...
 c[:port] = 4001
 c[:cluster] = 2
end
<<--

あとは、普通にmerbコマンドで起動するだけです。
config/environments/production.rbなどで設定しても良いですね。