SafariかFirefoxで閲覧することが多いので気がつくのが遅れましたが、 この記事 をPostして以降、IE6でレンダリングが乱れる状態になっていたようです。

原因は、はっきりとはわかっていないのですが、 埋め込まれていたSWF（現在はリンクだけになっています）の初期化と、 JavaScriptの実行が干渉していた模様。 JavaScriptの実行とFlash Playerの実行の順序やタイミングについては、 ブラウザごとに微妙に違ったりしているようで、なかなか良くわかりにくい ところですね。

何も考えずに SWFObject などを使って、JavaScript側から明示的にタイミングを指定して SWFを初期化するのが良いのかも。