SafariかFirefoxで閲覧することが多いので気がつくのが遅れましたが、
この記事
をPostして以降、IE6でレンダリングが乱れる状態になっていたようです。

原因は、はっきりとはわかっていないのですが、
埋め込まれていたSWF（現在はリンクだけになっています）の初期化と、
JavaScriptの実行が干渉していた模様。
JavaScriptの実行とFlash Playerの実行の順序やタイミングについては、
ブラウザごとに微妙に違ったりしているようで、なかなか良くわかりにくい
ところですね。

何も考えずに
SWFObject
などを使って、JavaScript側から明示的にタイミングを指定して
SWFを初期化するのが良いのかも。