$EDITORで~/.zshrcを開いて

sh>>
alias mi='PATH=./bin:$PATH merb -i'
alias mg='PATH=./bin:$PATH merb-gen'
<<--

の２行を追加すると、
thor merb:gems:install環境でもそうじゃない環境でも、所望のコマンドが実行されて便利です。