GAEを使う上での大きな制限として、ファイル数1000までというのがあります。
これを乗り越えるために、unpackしたGemの中から不要なファイルを掃除したりする必要があったのですが、
関連するGem群をjarファイルにまとめる事でこの問題を乗り越えられます。

• merb.jar
• require_fix.rb

上記のファイルをlibの下に配置して、config/init.rb
あたりでrequire_fixを読み込みます。
これはjarファイルの中のrbファイルの読み込みに関するバグを
回避するためのものです。

実際に以下のサイトでmerb.jarを使って運用しています。

• http://watch-me.appspot.com/

これによって、事実上ファイル数制限に左右されずにアプリケーションを開発する事が出来るようになります。
ただ、１ファイルのサイズ制限（10MB）が存在するので、jarファイルが大きくなりすぎた場合は分割する必要があります。