UIImageで取得できる画像とUIImage.CGImageで取得できる画像が上下逆転してしまいます。原因はUIKitとCoreGraphicsで、座標系のY軸が反転しているからだそうです(takiuchiさん談)。

下記を参考にしました：
http://blog.logichigh.com/2008/06/05/uiimage-fix/

UIImage.CGImageをrorateする

   1    UIImage *sampleImage = [UIImage imageNamed:@"image.png"];	
   2    CGRect rect = CGRectMake(0,0, sampleImage.size.width, sampleImage.size.height);
   3   
   4   //create the context
   5    UIGraphicsBeginImageContext(rect.size);
   6    CGContextRef i_context = UIGraphicsGetCurrentContext();
   7  	
   8    CGContextDrawImage(i_context, rect, sampleImage.CGImage);
   9    CGAffineTransform transform = CGAffineTransformRotate(transform, M_PI);
  10    CGContextConcatCTM(i_context, transform);
  11    UIImage *rotatedImage = UIGraphicsGetImageFromCurrentImageContext();
  12    CGImageRef sampleImageRef = [rotatedImage CGImage];
  13  
  14    //release the context
  15    UIGraphicsEndImageContext();
  16    CGContextRelease(i_context);

ちなみに、Quartz 2Dなどは昔の名前らしく、今は、CoreGraphicsと呼ばれています。最近はCoreImage, CoreGraphics, CoreAnimationのようにCoreシリーズで統一しているようです。