EC2onRailsの0.9.8.1を使って、0.9.7時代のAMIイメージに
cap deployしようとした場合、なぜか/etc/init.d/以下のいくつかの
起動スクリプトの実行パーミッションが剥奪されてしまい、
デプロイ処理の途中でエラーが起きて中断してしまうようです。

とりあえず対処療法として、Capfileの中で

ruby>>
load 'deploy' if respond_to?(:namespace) # cap2 differentiator
load 'config/deploy'
gem 'ec2onrails', '=0.9.7'
require 'ec2onrails/recipes'
<<--

のように0.9.7を明示的に指定するようにして回避しています。
本家筋のAMIイメージへの変更をマージしていく必要がありそうですね。