bundlerを使ってnative extensionを含むGemをインストールする場合に、
オプションの指定が必要な場合は ~/.bundle/config などを使いますが、
例えば Mac 環境で do_postgres をbundle installするには、以下のように
設定します。

pre>>
BUNDLE_BUILD__DO_POSTGRES:
--with-opt-dir=/Library/PostgreSQL/9.0
--with-opt-include=/Library/PostgreSQL/9.0/include/postgresql/server
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現在のところ、JRubyでjgem install do_sqlite3などによってdo_sqlite3をインストールしようとすると、Native extensionを使っているという事でエラーが出ます。

pre>>
Building native extensions. This could take a while...
/usr/local/jruby/lib/ruby/1.8/mkmf.rb:7: JRuby does not support native extensions. Check wiki.jruby.org for alternatives. (NotImplementedError)
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この問題を解決するには、最新版のdatamapper/doをgithubからとってきて、自分でbuildする必要があります。

http://github.com/datamapper/do/tree/master

doをgit cloneしたら、まずはdata_objectsディレクトリに移動し、以下のようにしてdata_objectsをインストールします。

pre>>
% jruby -S rake package
% sudo jgem install pkg/data_objects-0.9.12.gem
<<--

続いて、do_jdbcディレクトリに移動し、do_jdbcをコンパイルしてインストールします。

pre>>
% jruby -S rake compile
% jruby -S rake package
% sudo jgem install pkg/do_jdbc-0.9.12-java.gem
<<--

最後に、do_sqlite3 ディレクトリに移動し、以下のようにインストールします。

pre>>
% jruby -S rake package
% sudo jgem install pkg/do_sqlite3-0.9.12-java.gem
<<--

以上でインストール完了です。