自然言語の場合はよくわからないけれど、
プログラミング言語に関しては、まず書きたいプログラムが特定の言語に依存せずにプログラムそのものとして脳内にあって、それをプログラミング言語に翻訳しながらソースコードに置き換えていっているように感じる。

多分、フローやデータ構造については、言語の力を借りずに思考できるのかもしれない。