ということで、適当なセカンダリで重複を探して予め削除する必要が。
aggregateで探す例)
ruby>>
aggregate([
{:$group => {_id: {user_id:"$user_id", date:"$date"},
uniqueIds: {:$addToSet => "$_id"}, count:{:$sum => 1}}},
{:$match => {count: {:$gt => 1}}}],
allowDiskUse: true)
<<--