ということで、適当なセカンダリで重複を探して予め削除する必要が。 aggregateで探す例)

   1  aggregate([
   2    {:$group => {_id: {user_id:"$user_id", date:"$date"},
   3      uniqueIds: {:$addToSet => "$_id"}, count:{:$sum => 1}}},
   4    {:$match => {count: {:$gt => 1}}}],
   5    allowDiskUse: true)