rvmを使ってcapistranoでアプリケーションごとに異なるrubyのバージョンを利用するには、Capfileの先頭に以下のような記述をすればok

ruby>>
$:.unshift(File.expand_path('./lib', ENV['rvm_path']))
require "rvm/capistrano"
set :rvm_ruby_string, '1.9.3'
set :rvm_type, :user
<<--

ついでに ROOT に .rvmrc を追加して中身に

pre>>
rvm 1.9.3
<<--

のようにしておけば cd したときにrubyのバージョンが切り替わって便利です。