結構需要がありそうな割に、決定版的なツールがなんなのかわからなかったのですが、とりあえずこれを使えば目的を果たせます。

• magic-commenter

使い方:

   1  % gem install magic-commenter
   2  % cd /path/to/root/of/ruby/files
   3  % magic-commenter

あとは自動的にmultibyteキャラクタを含んでいる rbファイルを見つけて マジックコメントを挿入してくれます。