下記を参考に実機で動かすことができました。

http://d.hatena.ne.jp/uzulla/20080911#p1
http://www.codeanimato.com/blog/archives/2008/10/iphone-2.html

で、いくつかはまった点があったのでメモしておこうと思います。

エラーコード:0xE800003Aについて

アプリをインストールする際の認証で上記のエラーコードが表示されることがあります。"これは証明書が正しくインストールされていない可能性が高い"(by uzullaさん)とのこと。

私の場合provisioning profileを再設定設定した後、Build&Goを何回やってもエラーコードが表示されたのですが、Clean後Build&GoしたらOKになりました(はまった)。色々設定を変更した時はClean後Build&Goがよいように思います。

Xcodeのプロジェクトでprovisioning profileの指定の画面が変更になっていた

私のxcodeは3.2.1なのですが、TargetのInfoで指定するCode Signingの項目が違いました。
下記のようにDeveloper名と、provisioning profileがセットになって表示されるので正しいセットを選択すればokです。

また、この件はDeveloper ForumsのTopic:Missing "Code Signing Provisioning Profile" in Xcode build options が参考になりました。

Program Portalの各カテゴリにあるHow Toタブが役に立つ

上に挙げたURLばかりみていたのですが、How Toタブにもう少し細かい情報が載っていることがあります。詰まったらそこを見てみるのも一つの手だと思います。

2つの証明書のキーチェーンへのインストール先はlogin

WWDR Intermediate CertificateとiPhone Distribution CertificateはloginキーチェーンにインストールすればOKです。これも下記のHow Toタブで見つけました(もしかしたらloginがmustではないかもしれません)

http://developer.apple.com/iphone/manage/certificates/team/howto.action

provisioning profileの置き場所は‘~/Library/MobileDevice/Provisioning Profiles’

これもHow Toタブからの情報です。
OrganizarからiPhoneにインストールすれば自動的にここにコピーされるようですが、古いprovisioning profileが残って困るということきはこのディレクトリから削除するのも一つの手だと思います。

http://developer.apple.com/iphone/manage/provisioningprofiles/howto.action

appファイルが更新されない

Buildしても生成appファイルが更新されないこともあるようで、YOUR_APP_ROOT/build/Debug-iPhoneosディレクトリにあるappファイルを手動で削除したりしました。エミュレータ用のappファイルもbuild以下にあるので、更新されないようなら同様に手動削除するといいかも。