Passenger + Nginx でアプリケーションを起動しようとしたときに、下記のようなエラーが出ました。

sh>>
git://github.com/nzifnab/msgpack-rails.git (at master) is not checked out. Please run bundle install (Bundler::GitError)
<<--

　もちろん bundle install は実行済みです。msgpack-rails を使用するために、Gemfile に下記のような記述をしてあるのですが、色々調べたところ、Passenger が git からインストールした gem を認識してくれないようです。

ruby>>
gem 'msgpack-rails', :git => 'git://github.com/nzifnab/msgpack-rails.git'
<<--

　bundle install --deployment で解決するという情報も見つけたのですが、これは vendor ディレクトリにgemを持ってくるため結構な時間がかかります。デプロイでは世代管理していて、デプロイ時に新しいディレクトリを作成してデプロイしているので、開発環境のサーバへデプロイするたびに時間がかかるのはちょっと困るので他の方法を探したところ、bundle package
でOKという情報を見つけました。これはgemのキャッシュを vendor ディレクトリに持つもので、すぐに終わります。ただオプションで --all を指定しないと git 経由のgemをキャッシュしてくれないようです。

sh>>
bundle package --all
<<--

とすることで、git からの gem も見つけてくれるようになりました。

（参考サイト）deploying rails3 apps with bundler and phusion passenger: .bundle dir not found