ubuntuでパッケージのインストールを行ったとたん、
掲題のエラーメッセージが出るようになりました。
なかなか原因が分からなかったのですが、一つの原因として、

• 削除されたディレクトリの中で何かしらコマンドを実行すると発生する

ようです。存在するディレクトリにcdしてからもう一度確認すると、何事もなかったように元の状態に戻りました。
レアな問題のようですね。