my.cnfの中で、clientとserver両方共 max_allowed_packet を適当に大きな数値に指定する。

pre>>
max_allowed_packet = 16M
<<--

config/database.yml でコネクション切断時に再接続する設定をする。

yaml>>
production:
reconnect: true
<<--

これで多分大丈夫。