cmakeをbuildするときはbootstrapファイルを実行しますが、prefixを指定する場合は以下の部分を書き換えます。

   1      cmake_default_prefix="c:/Program Files/CMake"
   2    fi
   3  else
   4    cmake_default_prefix="/usr/local" # <= ここ
   5  fi

あとは make install すればok.