Rails-2.2.2で動いているRailsアプリをRails-2.3.2に移行する場合、

pre>>
% rake rails:update
<<--

を行うと便利ですが、これを実行すると、以下のようなファイルが影響を受けます。

pre>>

Changed but not updated:

(use "git add/rm ..." to update what will be committed)

deleted: app/controllers/application.rb

modified: config/boot.rb

modified: config/environment.rb

modified: public/javascripts/controls.js

modified: public/javascripts/dragdrop.js

modified: public/javascripts/effects.js

modified: public/javascripts/prototype.js

Untracked files:

(use "git add ..." to include in what will be committed)

app/controllers/application_controller.rb

no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")
<<--

ApplicationControllerのファイル名が、application_controller.rbに変更になっています。一貫性を持たせるためでしょうね。