サーバ管理をしていて、root権限が必要なディレクトリに、ファイルをリポジトリからgit cloneしてきたい状況になったので、方法をメモしておきます。
まず状況の確認として、

• gitのプロトコルにはsshを使っている
• リポジトリサーバには、rootユーザでは鍵認証でもパスワード認証でもログインできない
• リポジトリサーバ、clone先のサーバ双方ともfooというローカルユーザが存在。sshでリモートログインできる

という感じです。ユーザ権限でアクセス出来る場所にgit cloneする場合であれば、

pre>>
foo% git clone ssh://git.repos.com/path/to/repo.git
<<--

こんな感じで済むのですが、ファイルの作成にroot権限が必要な場合、
repoディレクトリを作成出来なくて怒られます。
かといって、rootユーザでgit cloneしようとしても、リポジトリサーバにはrootではログイン出来ないのでcloneできません。

そのような場合には、以下の手順を踏みます。

1. clone先のサーバに ssh -A foo@target.server.com でエージェントフォワードしてログイン。
2. ssh -A root@localhost でエージェントフォワードした状態でlocalhostにrootユーザでログイン（ターゲットサーバ上での、ローカルからのrootによるssh接続は許可する必要がある）
3. git clone ssh://foo@git.repos.com/path/to/repo.git でclone

これでroot権限が必要な場所にfooユーザのSSHエージェントを介してリポジトリサーバに接続し、cloneできます。

注意

安全にエージェントフォワーディングを行う事が出来るのは、
接続先および踏み台にするのサーバ群の管理者たちが全て信頼できる場合に限られます。