MySQLでInnoDBを使っているとdata_dirの下にibdata1というファイルが出来て、このファイルサイズがだんだん大きくなっていきます。
大分肥大化してきていたので、テーブル毎に分割する設定を行いました。

/etc/mysql/my.cnf

pre>>
(snip)
[mysqld]
innodb_file_per_table
(snip)
<<--

あとはDBへのアクセスを止めて、mysqlを再起動します。
再起動したら、

sql>>
ALTER TABLE articles TYPE=InnoDB;
<<--

を実行すると、data_dirの下のデータベース名のディレクトリの下に、
いままであったarticles.frmの他にarticles.ibdのようなファイルができています。

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